Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

Accuracy evaluation and addition of improved dihedral parameters for the MMFF94s.

Tytuł:
Accuracy evaluation and addition of improved dihedral parameters for the MMFF94s.
Autorzy:
Wahl J; Scientific Computing Drug Discovery, Idorsia Pharmaceuticals Ltd, Hegenheimermattweg 89, 4123, Allschwil, Switzerland. .
Freyss J; Global Information Systems, Idorsia Pharmaceuticals Ltd, Hegenheimermattweg 91, 4123, Allschwil, Switzerland.
von Korff M; Scientific Computing Drug Discovery, Idorsia Pharmaceuticals Ltd, Hegenheimermattweg 89, 4123, Allschwil, Switzerland.
Sander T; Scientific Computing Drug Discovery, Idorsia Pharmaceuticals Ltd, Hegenheimermattweg 89, 4123, Allschwil, Switzerland.
Źródło:
Journal of cheminformatics [J Cheminform] 2019 Aug 07; Vol. 11 (1), pp. 53. Date of Electronic Publication: 2019 Aug 07.
Typ publikacji:
Journal Article
Język:
English
Imprint Name(s):
Publication: [London, United Kingdom] : BioMed Central
Original Publication: [London] : Chemistry Central Ltd. in association with BioMed Central, 2009-
References:
J Comput Aided Mol Des. 2017 May;31(5):419-439. (PMID: 28289981)
J Comput Chem. 2004 Jul 15;25(9):1157-74. (PMID: 15116359)
J Chem Inf Model. 2015 Dec 28;55(12):2562-74. (PMID: 26575315)
J Comput Chem. 2010 Mar;31(4):671-90. (PMID: 19575467)
BMC Bioinformatics. 2009 Mar 31;10:101. (PMID: 19335906)
J Med Chem. 2004 Mar 25;47(7):1739-49. (PMID: 15027865)
J Chem Theory Comput. 2013;9(9):4046-4063. (PMID: 24163642)
Adv Protein Chem. 2003;66:27-85. (PMID: 14631816)
J Chem Inf Model. 2006 May-Jun;46(3):1236-44. (PMID: 16711743)
J Phys Chem B. 2017 Apr 20;121(15):3864-3870. (PMID: 28224794)
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W622-7. (PMID: 20444874)
J Cheminform. 2017 May 15;9(1):29. (PMID: 29086109)
J Chem Inf Model. 2015 Feb 23;55(2):460-73. (PMID: 25558886)
J Comput Aided Mol Des. 2012 Nov;26(11):1195-205. (PMID: 23053737)
J Chem Inf Model. 2012 Jun 25;52(6):1499-512. (PMID: 22670896)
J Chem Theory Comput. 2012 Oct 9;8(10):3895-3801. (PMID: 23329896)
J Comput Chem. 1999 May;20(7):730-748. (PMID: 34376036)
J Chem Inf Model. 2013 May 24;53(5):1191-9. (PMID: 23621692)
J Chem Theory Comput. 2013 Apr 9;9(4):2126-2136. (PMID: 23585741)
J Chem Theory Comput. 2016 Jan 12;12(1):281-96. (PMID: 26584231)
J Phys Chem B. 2017 Jul 13;121(27):6626-6636. (PMID: 28627890)
J Comput Chem. 1999 May;20(7):720-729. (PMID: 34376030)
J Comput Chem. 2009 Jul 30;30(10):1545-614. (PMID: 19444816)
J Comput Chem. 2012 Jul 30;33(20):1673-88. (PMID: 22544510)
J Chem Inf Model. 2015 Oct 26;55(10):2154-67. (PMID: 26406154)
J Med Chem. 2004 May 6;47(10):2499-510. (PMID: 15115393)
J Med Chem. 2013 Mar 14;56(5):2016-28. (PMID: 23379567)
J Cheminform. 2011 Mar 16;3:8. (PMID: 21410983)
Curr Top Med Chem. 2010;10(1):33-45. (PMID: 19929831)
BMC Bioinformatics. 2010 Nov 04;11:545. (PMID: 21050454)
J Chem Inf Model. 2017 Mar 27;57(3):529-539. (PMID: 28206754)
Biophys J. 2002 Oct;83(4):1731-48. (PMID: 12324397)
J Chem Inf Model. 2017 Jun 26;57(6):1265-1275. (PMID: 28485585)
J Comput Chem. 2015 Jun 5;36(15):1132-56. (PMID: 25914306)
J Chem Inf Model. 2010 Apr 26;50(4):534-46. (PMID: 20373803)
Contributed Indexing:
Keywords: Conformer generation; Force field parameterization; MMFF94s
Entry Date(s):
Date Created: 20190809 Latest Revision: 20231013
Update Code:
20240104
PubMed Central ID:
PMC6686419
DOI:
10.1186/s13321-019-0371-6
PMID:
31392432
Czasopismo naukowe
The Platinum dataset of protein-bound ligand conformations was used to benchmark the ability of the MMFF94s force field to generate bioactive conformations by minimization of randomly generated conformers. Torsion angle parameters that generally caused wrong geometries were reparameterized by conducting dihedral scans using ab initio calculations at the MP2 level. This reparameterization resulted in a systematic improvement of generated conformations.
Zaloguj się, aby uzyskać dostęp do pełnego tekstu.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies