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Tytuł:
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Comparison of saliva with oral and nasopharyngeal swabs for SARS-CoV-2 detection on various commercial and laboratory-developed assays.
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Autorzy:
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Labbé AC; Service de maladies infectieuses et de microbiologie, Département de médecine spécialisée, Hôpital Maisonneuve-Rosemont - CIUSSS de l'Est-de-l'Ile-de-Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Benoit P; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Gobeille Paré S; Service de microbiologie-infectiologie, Centre Hospitalier Universitaire de Québec - Université Laval, Québec, Québec, Canada.
Coutlée F; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Lévesque S; Service de microbiologie, Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke - CIUSSS de l'Estrie, Sherbrooke, Québec, Canada.; Département de microbiologie et infectiologie, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec, Canada.
Bestman-Smith J; Service de microbiologie-infectiologie, Centre Hospitalier Universitaire de Québec - Université Laval, Québec, Québec, Canada.
Dumaresq J; Département des laboratoires, Hôpital Hôtel-Dieu de Lévis - CISSS de Chaudière-Appalaches, Lévis, Québec, Canada.
Lavallée C; Service de maladies infectieuses et de microbiologie, Département de médecine spécialisée, Hôpital Maisonneuve-Rosemont - CIUSSS de l'Est-de-l'Ile-de-Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Houle C; Service de microbiologie-infectiologie, Département de médecine spécialisée, Centre hospitalier affilié universitaire régional - CISSS de la Mauricie-Centre-du-Québec, Trois-Rivières, Québec, Canada.
Martin P; Service de microbiologie, Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke - CIUSSS de l'Estrie, Sherbrooke, Québec, Canada.; Département de microbiologie et infectiologie, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec, Canada.
Mak A; Département de médecine de laboratoire, Hôpital Charles Lemoyne - CISSS Montérégie-Centre, Greenfield Park, Québec, Canada.
Gervais P; Département des laboratoires, Institut Universitaire de Cardiologie et de Pneumologie de Québec, Québec, Québec, Canada.
Langevin S; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Service de microbiologie-infectiologie, Département de médecine spécialisée, CIUSSS du Centre-Sud de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Jacob-Wagner M; Service de microbiologie-infectiologie, Centre Hospitalier Universitaire de Québec - Université Laval, Québec, Québec, Canada.
Gagnon S; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
St-Hilaire M; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Lussier N; Département de médecine de laboratoire, Hôpital Charles Lemoyne - CISSS Montérégie-Centre, Greenfield Park, Québec, Canada.
Yechouron A; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Service de microbiologie-infectiologie, Département de médecine spécialisée, CIUSSS du Centre-Sud de Montréal, Montréal, Québec, Canada.
Roy D; Laboratoire de Santé Publique du Québec, Institut national de santé publique du Québec, Ste-Anne-de-Bellevue, Québec, Canada.
Roger M; Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département clinique de médecine de laboratoire, Centre Hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Laboratoire de Santé Publique du Québec, Institut national de santé publique du Québec, Ste-Anne-de-Bellevue, Québec, Canada.
Fafard J; Laboratoire de Santé Publique du Québec, Institut national de santé publique du Québec, Ste-Anne-de-Bellevue, Québec, Canada.
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Źródło:
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Journal of medical virology [J Med Virol] 2021 Sep; Vol. 93 (9), pp. 5333-5338. Date of Electronic Publication: 2021 May 03.
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Typ publikacji:
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Comparative Study; Journal Article; Multicenter Study
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Język:
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English
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Imprint Name(s):
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Publication: New York Ny : Wiley-Liss
Original Publication: New York, Liss.
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MeSH Terms:
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COVID-19/*diagnosis
COVID-19 Nucleic Acid Testing/*standards
Diagnostic Tests, Routine/*standards
RNA, Viral/*genetics
SARS-CoV-2/*genetics
COVID-19/epidemiology ; COVID-19/virology ; COVID-19 Nucleic Acid Testing/instrumentation ; COVID-19 Nucleic Acid Testing/methods ; Diagnostic Tests, Routine/instrumentation ; Diagnostic Tests, Routine/methods ; Humans ; Mouth/virology ; Nasopharynx/virology ; Quebec/epidemiology ; Saliva/virology ; Sensitivity and Specificity ; Specimen Handling/standards
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References:
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J Clin Microbiol. 2021 Mar 19;59(4):. (PMID: 33514627)
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Contributed Indexing:
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Keywords: RNA extraction; SARS coronavirus; epidemiology; pandemics; research and analysis methods; virus classification
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Substance Nomenclature:
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0 (RNA, Viral)
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Entry Date(s):
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Date Created: 20210414 Date Completed: 20210730 Latest Revision: 20231107
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Update Code:
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20240104
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PubMed Central ID:
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PMC8251198
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DOI:
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10.1002/jmv.27026
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PMID:
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33851739
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The accurate laboratory detection of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a crucial element in the fight against coronavirus disease 2019 (COVID-19). Reverse transcription-polymerase chain reaction testing on combined oral and nasopharyngeal swab (ONPS) suffers from several limitations, including the need for qualified personnel, the discomfort caused by invasive nasopharyngeal sample collection, and the possibility of swab and transport media shortage. Testing on saliva would represent an advancement. The aim of this study was to compare the concordance between saliva samples and ONPS for the detection of SARS-CoV-2 on various commercial and laboratory-developed tests (LDT). Individuals were recruited from eight institutions in Quebec, Canada, if they had SARS-CoV-2 RNA detected on a recently collected ONPS, and accepted to provide another ONPS, paired with saliva. Assays available in the different laboratories (Abbott RealTime SARS-CoV-2, Cobas® SARS-CoV-2, Simplexa™ COVID-19 Direct, Allplex™ 2019-nCoV, RIDA®GENE SARS-CoV-2, and an LDT preceded by three different extraction methods) were used to determine the concordance between saliva and ONPS results. Overall, 320 tests were run from a total of 125 saliva and ONPS sample pairs. All assays yielded similar sensitivity when saliva was compared to ONPS, with the exception of one LDT (67% vs. 93%). The mean difference in cycle threshold (∆C t ) was generally (but not significantly) in favor of the ONPS for all nucleic acid amplification tests. The maximum mean ∆C t was 2.0, while individual ∆C t varied importantly from -17.5 to 12.4. Saliva seems to be associated with sensitivity similar to ONPS for the detection of SARS-CoV-2 by various assays.
(© 2021 Wiley Periodicals LLC.)
