Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

Predicting Apoptosis Protein Subcellular Locations based on the Protein Overlapping Property Matrix and Tri-Gram Encoding.

Tytuł:
Predicting Apoptosis Protein Subcellular Locations based on the Protein Overlapping Property Matrix and Tri-Gram Encoding.
Autorzy:
Yang, Yang
Zheng, Huiwen
Wang, Chunhua
Xiao, Wanyue
Liu, Taigang
Temat:
APOPTOSIS
AMINO acid sequence
SUPPORT vector machines
MACHINE learning
AMINO acids
Źródło:
International Journal of Molecular Sciences; May2019, Vol. 20 Issue 9, p2344, 1p, 4 Charts, 1 Graph
Czasopismo naukowe
To reveal the working pattern of programmed cell death, knowledge of the subcellular location of apoptosis proteins is essential. Besides the costly and time-consuming method of experimental determination, research into computational locating schemes, focusing mainly on the innovation of representation techniques on protein sequences and the selection of classification algorithms, has become popular in recent decades. In this study, a novel tri-gram encoding model is proposed, which is based on using the protein overlapping property matrix (POPM) for predicting apoptosis protein subcellular location. Next, a 1000-dimensional feature vector is built to represent a protein. Finally, with the help of support vector machine-recursive feature elimination (SVM-RFE), we select the optimal features and put them into a support vector machine (SVM) classifier for predictions. The results of jackknife tests on two benchmark datasets demonstrate that our proposed method can achieve satisfactory prediction performance level with less computing capacity required and could work as a promising tool to predict the subcellular locations of apoptosis proteins. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
Copyright of International Journal of Molecular Sciences is the property of MDPI and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
Zaloguj się, aby uzyskać dostęp do pełnego tekstu.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies

Prześlij opinię

Twoje opinie są dla nas bardzo ważne i mogą być niezwykle pomocne w pokazaniu nam, gdzie możemy dokonać ulepszeń. Bylibyśmy bardzo wdzięczni za poświęcenie kilku chwil na wypełnienie krótkiego formularza.

Formularz