Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Przeglądasz jako GOŚĆ
Tytuł pozycji:

Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data

Tytuł :
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
Autorzy :
Eling, Nils
Richard, Arianne C.
Richardson, Sylvia
Marioni, John C.
Vallejos, Catalina A.
Pokaż więcej
Źródło :
Cell Systems; September 2018, Vol. 7 Issue: 3 p284-294.e12
Periodyk
Cell-to-cell transcriptional variability in otherwise homogeneous cell populations plays an important role in tissue function and development. Single-cell RNA sequencing can characterize this variability in a transcriptome-wide manner. However, technical variation and the confounding between variability and mean expression estimates hinder meaningful comparison of expression variability between cell populations. To address this problem, we introduce an analysis approach that extends the BASiCS statistical framework to derive a residual measure of variability that is not confounded by mean expression. This includes a robust procedure for quantifying technical noise in experiments where technical spike-in molecules are not available. We illustrate how our method provides biological insight into the dynamics of cell-to-cell expression variability, highlighting a synchronization of biosynthetic machinery components in immune cells upon activation. In contrast to the uniform up-regulation of the biosynthetic machinery, CD4+T cells show heterogeneous up-regulation of immune-related and lineage-defining genes during activation and differentiation.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies