Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

On the robustness of inference of association with the gut microbiota in stool, rectal swab and mucosal tissue samples

Tytuł:
On the robustness of inference of association with the gut microbiota in stool, rectal swab and mucosal tissue samples
Autorzy:
Shan Sun
Xiangzhu Zhu
Xiang Huang
Harvey J. Murff
Reid M. Ness
Douglas L. Seidner
Alicia A. Sorgen
Ivory C. Blakley
Chang Yu
Qi Dai
M. Andrea Azcarate-Peril
Martha J. Shrubsole
Anthony A. Fodor
Temat:
Medicine
Science
Źródło:
Scientific Reports, Vol 11, Iss 1, Pp 1-12 (2021)
Wydawca:
Nature Portfolio, 2021.
Rok publikacji:
2021
Kolekcja:
LCC:Medicine
LCC:Science
Typ dokumentu:
article
Opis pliku:
electronic resource
Język:
English
ISSN:
2045-2322
Relacje:
https://doaj.org/toc/2045-2322
DOI:
10.1038/s41598-021-94205-5
Dostęp URL:
https://doaj.org/article/13d61f92d21f4c489d52b87400cedf98  Link otwiera się w nowym oknie
Numer akcesji:
edsdoj.13d61f92d21f4c489d52b87400cedf98
Czasopismo naukowe
Abstract The gut microbiota plays an important role in human health and disease. Stool, rectal swab and rectal mucosal tissue samples have been used in individual studies to survey the microbial community but the consequences of using these different sample types are not completely understood. In this study, we report differences in stool, rectal swab and rectal mucosal tissue microbial communities with shotgun metagenome sequencing of 1397 stool, swab and mucosal tissue samples from 240 participants. The taxonomic composition of stool and swab samples was distinct, but less different to each other than mucosal tissue samples. Functional profile differences between stool and swab samples are smaller, but mucosal tissue samples remained distinct from the other two types. When the taxonomic and functional profiles were used for inference in association with host phenotypes of age, sex, body mass index (BMI), antibiotics or non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs) use, hypothesis testing using either stool or rectal swab gave broadly significantly correlated results, but inference performed on mucosal tissue samples gave results that were generally less consistent with either stool or swab. Our study represents an important resource for determination of how inference can change for taxa and pathways depending on the choice of where to sample within the human gut.
Zaloguj się, aby uzyskać dostęp do pełnego tekstu.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies