Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

Hybrid Genome Assembly and Evidence-Based Annotation of the Egg Parasitoid and Biological Control Agent Trichogramma brassicae

Tytuł:
Hybrid Genome Assembly and Evidence-Based Annotation of the Egg Parasitoid and Biological Control Agent Trichogramma brassicae
Autorzy:
Kim B. Ferguson
Tore Kursch-Metz
Eveline C. Verhulst
Bart A. Pannebakker
Temat:
wolbachia
biocontrol agent
parasitoid
hymenoptera
Genetics
QH426-470
Źródło:
G3: Genes, Genomes, Genetics, Vol 10, Iss 10, Pp 3533-3540 (2020)
Wydawca:
Oxford University Press, 2020.
Rok publikacji:
2020
Kolekcja:
LCC:Genetics
Typ dokumentu:
article
Opis pliku:
electronic resource
Język:
English
ISSN:
2160-1836
Relacje:
https://doaj.org/toc/2160-1836
DOI:
10.1534/g3.120.401344
Dostęp URL:
https://doaj.org/article/d18e873f867a46c5952262fda039185d  Link otwiera się w nowym oknie
Numer akcesji:
edsdoj.18e873f867a46c5952262fda039185d
Czasopismo naukowe
Trichogramma brassicae (Bezdenko) are egg parasitoids that are used throughout the world as biological control agents and in laboratories as model species. Despite this ubiquity, few genetic resources exist beyond COI, ITS2, and RAPD markers. Aided by a Wolbachia infection, a wild-caught strain from Germany was reared for low heterozygosity and sequenced in a hybrid de novo strategy, after which several assembling strategies were evaluated. The best assembly, derived from a DBG2OLC-based pipeline, yielded a genome of 235 Mbp made up of 1,572 contigs with an N50 of 556,663 bp. Following a rigorous ab initio-, homology-, and evidence-based annotation, 16,905 genes were annotated and functionally described. As an example of the utility of the genome, a simple ortholog cluster analysis was performed with sister species T. pretiosum, revealing over 6000 shared clusters and under 400 clusters unique to each species. The genome and transcriptome presented here provides an essential resource for comparative genomics of the commercially relevant genus Trichogramma, but also for research into molecular evolution, ecology, and breeding of T. brassicae.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies