Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Przeglądasz jako GOŚĆ
Tytuł pozycji:

Evaluation of duplicated reference genes for quantitative real-time PCR analysis in genome unknown hexaploid oat (Avena sativa L.)

Tytuł :
Evaluation of duplicated reference genes for quantitative real-time PCR analysis in genome unknown hexaploid oat (Avena sativa L.)
Autorzy :
Zheng Yang
Kai Wang
Usman Aziz
Cuizhu Zhao
Meng Zhang
Pokaż więcej
Temat :
Oat
Reference gene
qPCR
Duplicated gene
Polyploid
Gene expression
Plant culture
SB1-1110
Biology (General)
QH301-705.5
Źródło :
Plant Methods, Vol 16, Iss 1, Pp 1-14 (2020)
Wydawca :
BMC, 2020.
Rok publikacji :
2020
Kolekcja :
LCC:Plant culture
LCC:Biology (General)
Typ dokumentu :
article
Opis pliku :
electronic resource
Język :
English
ISSN :
1746-4811
Relacje :
http://link.springer.com/article/10.1186/s13007-020-00679-1; https://doaj.org/toc/1746-4811
DOI :
10.1186/s13007-020-00679-1
Dostęp URL :
https://doaj.org/article/41eac5b239ad42db8ae734d82e5cfeee
Numer akcesji :
edsdoj.41eac5b239ad42db8ae734d82e5cfeee
Czasopismo naukowe
Abstract Background Oat (Avena sativa L.), a hexaploid crop with unknown genome, has valuable nutritional, medicinal and pharmaceutical uses. However, no suitable RGs (reference genes) for qPCR (quantitative real-time PCR) has been documented for oat yet. Single-copy gene is often selected as RG, which is challengeable or impactable in unexplored polyploids. Results In this study, eleven candidate RGs, including four duplicated genes, were selected from oat transcriptome. The stability and the optimal combination of these candidate RGs were assessed in 18 oat samples by using four statistical algorithms including the ΔCt method, geNorm, NormFinder and BestKeeper. The most stable RGs for “all samples”, “shoots and roots of seedlings”, “developing seeds” and “developing endosperms” were EIF4A (Eukaryotic initiation factor 4A-3), UBC21 (Ubiquitin-Conjugating Enzyme 21), EP (Expressed protein) and EIF4A respectively. Among these RGs, UBC21 was a four-copy duplicated gene. The reliability was validated by the expression patterns of four various genes normalized to the most and the least stable RGs in different sample sets. Conclusions Results provide a proof of concept that the duplicated RG is feasible for qPCR in polyploids. To our knowledge, this study is the first systematic research on the optimal RGs for accurate qPCR normalization of gene expression in different organs and tissues of oat.
Zaloguj się, aby uzyskać dostęp do pełnego tekstu.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies