Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

RNAvigator: A Pipeline to Identify Candidates for Functional RNA Structure Elements

Tytuł:
RNAvigator: A Pipeline to Identify Candidates for Functional RNA Structure Elements
Autorzy:
Riccardo Delli Ponti
Jiaxu Wang
Yue Wan
Roland G. Huber
Temat:
RNA structure
structure prediction
chemical probing
pipeline
RNA virus
Microbiology
QR1-502
Źródło:
Frontiers in Virology, Vol 2 (2022)
Wydawca:
Frontiers Media S.A., 2022.
Rok publikacji:
2022
Kolekcja:
LCC:Microbiology
Typ dokumentu:
article
Opis pliku:
electronic resource
Język:
English
ISSN:
2673-818X
Relacje:
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fviro.2022.878679/full; https://doaj.org/toc/2673-818X
DOI:
10.3389/fviro.2022.878679
Dostęp URL:
https://doaj.org/article/466096f325724ff29982e05fb073e09c  Link otwiera się w nowym oknie
Numer akcesji:
edsdoj.466096f325724ff29982e05fb073e09c
Czasopismo naukowe
Identifying structural elements in long and complex RNAs, such as long non-coding and RNA viruses, can shed light on the functionality and mechanisms of such RNAs. Here we present RNAvigator, a tool able to identify elements of structural importance by using experimental SHAPE data or SHAPE-like predictions in conjunction with stability and entropy assessments. RNAvigator recognizes regions that are the most stable, unambiguous, and structured on RNA molecules, and thus potentially functional. When relying on predictions, RNAvigator uses the CROSS algorithm, a neural network trained on experimental data that achieved an AUC of 0.74 on hepatitis C virus SHAPE-MaP data and which was able to improve the predictive power of Superfold. By using RNAvigator, we can identify known functional regions on the complete hepatitis C virus genome, including the regulatory regions CRE and IRES, and the 3’ UTR of dengue virus, a region known for the presence of structural elements essential for its replication, and functional regions of long non-coding RNAs such as XIST and HOTAIR. We envision that RNAvigator will be a useful tool for studying long and complex RNA molecules using known chemical probing data or, if they are not available, by employing predicted profiles.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies