Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

Characterization of Fecal Microbiota with Clinical Specimen Using Long-Read and Short-Read Sequencing Platform

Tytuł:
Characterization of Fecal Microbiota with Clinical Specimen Using Long-Read and Short-Read Sequencing Platform
Autorzy:
Po-Li Wei
Ching-Sheng Hung
Yi-Wei Kao
Ying-Chin Lin
Cheng-Yang Lee
Tzu-Hao Chang
Ben-Chang Shia
Jung-Chun Lin
Temat:
16S rRNA
gut microbiota
MinION
MiSeq
Biology (General)
QH301-705.5
Chemistry
QD1-999
Źródło:
International Journal of Molecular Sciences, Vol 21, Iss 19, p 7110 (2020)
Wydawca:
MDPI AG, 2020.
Rok publikacji:
2020
Kolekcja:
LCC:Biology (General)
LCC:Chemistry
Typ dokumentu:
article
Opis pliku:
electronic resource
Język:
English
ISSN:
1422-0067
1661-6596
Relacje:
https://www.mdpi.com/1422-0067/21/19/7110; https://doaj.org/toc/1661-6596; https://doaj.org/toc/1422-0067
DOI:
10.3390/ijms21197110
Dostęp URL:
https://doaj.org/article/f653bc8ef79d4e7a8bd6088cba690f34  Link otwiera się w nowym oknie
Numer akcesji:
edsdoj.f653bc8ef79d4e7a8bd6088cba690f34
Czasopismo naukowe
Accurate and rapid identification of microbiotic communities using 16S ribosomal (r)RNA sequencing is a critical task for expanding medical and clinical applications. Next-generation sequencing (NGS) is widely considered a practical approach for direct application to communities without the need for in vitro culturing. In this report, a comparative evaluation of short-read (Illumina) and long-read (Oxford Nanopore Technologies (ONT)) platforms toward 16S rRNA sequencing with the same batch of total genomic DNA extracted from fecal samples is presented. Different 16S gene regions were amplified, bar-coded, and sequenced using the Illumina MiSeq and ONT MinION sequencers and corresponding kits. Mapping of the sequenced amplicon using MinION to the entire 16S rRNA gene was analyzed with the cloud-based EPI2ME algorithm. V3–V4 reads generated using MiSeq were aligned by applying the CLC genomics workbench. More than 90% of sequenced reads generated using distinct sequencers were accurately classified at the genus or species level. The misclassification of sequenced reads at the species level between the two approaches was less substantial as expected. Taken together, the comparative results demonstrate that MinION sequencing platform coupled with the corresponding algorithm could function as a practicable strategy in classifying bacterial community to the species level.
Zaloguj się, aby uzyskać dostęp do pełnego tekstu.

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies