Autor: "Cheynet, V." - OpacWWW

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Tytuł:: Evaluation of EPISEQ SARS-CoV-2 and a Fully Integrated Application to Identify SARS-CoV-2 Variants from Several Next-Generation Sequencing Approaches.
Autorzy:: Mugnier N; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Griffon A; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Simon B; GenEPII Sequencing Platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France.
Rambaud M; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Regue H; GenEPII Sequencing Platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France.
Bal A; GenEPII Sequencing Platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France.
Destras G; GenEPII Sequencing Platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France.
Tournoud M; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Jaillard M; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Betraoui A; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Santiago E; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Cheynet V; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Benite, France.
Vignola A; Biogroup-Oriade-Noviale, 38400 Saint-Martin d'Hères, France.
Ligeon V; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Josset L; GenEPII Sequencing Platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France.
Brengel-Pesce K; BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Benite, France.; Pokaż więcej
Źródło:: Viruses [Viruses] 2022 Jul 29; Vol. 14 (8). Date of Electronic Publication: 2022 Jul 29.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: COVID-19*/diagnosis
SARS-CoV-2*/genetics
Genome, Viral ; High-Throughput Nucleotide Sequencing/methods ; Humans ; Mutation
SCR Organism:: SARS-CoV-2 variants

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Tytuł:: Publisher Correction: Clinical and laboratory characteristics of symptomatic healthcare workers with suspected COVID-19: a prospective cohort study.
Autorzy:: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Brengel-Pesce K; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
Gaymard A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Quéromès G; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Guibert N; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Frobert E; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Bouscambert M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Trabaud MA; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Allantaz-Frager F; Open Innovation and Partnerships (OIP), bioMérieux S.A., 69280, Marcy l'Etoile, France.
Oriol G; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
Cheynet V; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
d'Aubarede C; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Massardier-Pilonchery A; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Buisson M; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Lupo J; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Pozzetto B; GIMAP EA 3064 (Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes), Université Jean Monnet, Lyon University, Saint-Etienne, France.; Laboratory of Infectious Agents and Hygiene, University Hospital of Saint-Etienne, Saint-Etienne, France.
Poignard P; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Fassier JB; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Trouillet-Assant S; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France. .; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France. .; Pokaż więcej
Corporate Authors:: COVID-SER Study group
Źródło:: Scientific reports [Sci Rep] 2021 Sep 23; Vol. 11 (1), pp. 19317. Date of Electronic Publication: 2021 Sep 23.
Typ publikacji:: Published Erratum

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Tytuł:: Clinical and laboratory characteristics of symptomatic healthcare workers with suspected COVID-19: a prospective cohort study.
Autorzy:: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Brengel-Pesce K; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
Gaymard A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Quéromès G; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Guibert N; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Frobert E; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Bouscambert M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Trabaud MA; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Allantaz-Frager F; Open Innovation and Partnerships (OIP), bioMérieux S.A., 69280, Marcy l'Etoile, France.
Oriol G; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
Cheynet V; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France.
d'Aubarede C; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Massardier-Pilonchery A; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Buisson M; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Lupo J; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Pozzetto B; GIMAP EA 3064 (Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes), Université Jean Monnet, Lyon University, Saint-Etienne, France.; Laboratory of Infectious Agents and Hygiene, University Hospital of Saint-Etienne, Saint-Etienne, France.
Poignard P; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Fassier JB; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France.
Trouillet-Assant S; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France. .; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France. .; Pokaż więcej
Corporate Authors:: COVID-SER Study group
Źródło:: Scientific reports [Sci Rep] 2021 Jul 22; Vol. 11 (1), pp. 14977. Date of Electronic Publication: 2021 Jul 22.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Health Personnel*
COVID-19/*diagnosis
SARS-CoV-2/*isolation & purification
Adult ; Aged ; Aged, 80 and over ; COVID-19/epidemiology ; COVID-19 Nucleic Acid Testing ; COVID-19 Serological Testing ; Female ; Humans ; Male ; Middle Aged ; Prospective Studies ; Viral Load ; Young Adult

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Tytuł:: Performance Assessment of SARS-CoV-2 PCR Assays Developed by WHO Referral Laboratories.
Autorzy:: Etievant S; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Centre National de Référence des Virus Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.
Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Centre National de Référence des Virus Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Bénite, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.
Escuret V; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Centre National de Référence des Virus Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.
Brengel-Pesce K; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Bénite, France.
Bouscambert M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Centre National de Référence des Virus Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.
Cheynet V; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Bénite, France.
Generenaz L; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Bénite, France.
Oriol G; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69310 Pierre-Bénite, France.
Destras G; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.
Billaud G; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.
Josset L; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.
Frobert E; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.
Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.
Gaymard A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Centre National de Référence des Virus Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, 69004 Lyon, France.; Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69372 Lyon, France.; Pokaż więcej
Źródło:: Journal of clinical medicine [J Clin Med] 2020 Jun 16; Vol. 9 (6). Date of Electronic Publication: 2020 Jun 16.
Typ publikacji:: Journal Article

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Tytuł:: Metagenomic Next-Generation Sequencing Reveals Individual Composition and Dynamics of Anelloviruses during Autologous Stem Cell Transplant Recipient Management.
Autorzy:: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France. .; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, 69372 Lyon, France. .; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Sarkozy C; Service d'Hématologie Clinique, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, 69495 Lyon, France. .
Josset L; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France. .; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, 69372 Lyon, France. .
Cheynet V; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. valerie.cheynet@biomerieux.com.
Oriol G; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Becker J; Bioaster, Genomics and Transcriptomics Technological Unit, 69007 Lyon, France. .
Vilchez G; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Sesques P; Service d'Hématologie Clinique, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, 69495 Lyon, France. .
Mallet F; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Pachot A; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France. .; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, 69372 Lyon, France. .
Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, 69004 Lyon, France. .; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, 69372 Lyon, France. .
Salles G; Service d'Hématologie Clinique, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, 69495 Lyon, France. .
Reynier F; Bioaster, Genomics and Transcriptomics Technological Unit, 69007 Lyon, France. .
Trouillet-Assant S; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, 69372 Lyon, France. .; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .
Brengel-Pesce K; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 69495 Pierre-Bénite, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: Viruses [Viruses] 2018 Nov 14; Vol. 10 (11). Date of Electronic Publication: 2018 Nov 14.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Genetic Variation*
Stem Cell Transplantation*
Transplant Recipients*
Transplantation, Autologous*
Anelloviridae/*isolation & purification
Blood/*virology
DNA Virus Infections/*virology
Anelloviridae/classification ; Anelloviridae/genetics ; Antineoplastic Agents/therapeutic use ; DNA, Viral/chemistry ; DNA, Viral/genetics ; Drug Therapy/methods ; High-Throughput Nucleotide Sequencing ; Humans ; Multiple Myeloma/drug therapy ; Pilot Projects ; Prospective Studies ; Sequence Analysis, DNA

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Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Quality control implementation for universal characterization of DNA and RNA viruses in clinical respiratory samples using single metagenomic next-generation sequencing workflow.
Autorzy:: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Pichon M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.
Picard C; Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes, Institut Pasteur, Lyon, France.; CIRI Inserm U1111, CNRS 5308, ENS, UCBL, Faculté de Médecine Lyon Est, Université de Lyon, Lyon, France.
Casalegno JS; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.
Valette M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.
Schuffenecker I; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
Billard L; INSERM UMR1078 'Génétique, Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies', Axe Microbiota, Univ Brest, Brest, France.
Vallet S; INSERM UMR1078 'Génétique, Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies', Axe Microbiota, Univ Brest, Brest, France.; Département de Bactériologie-Virologie, Hygiène et Parasitologie-Mycologie, Pôle de Biologie-Pathologie, Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Brest, Hôpital de la Cavale Blanche, Brest, France.
Vilchez G; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Cheynet V; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Oriol G; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Trouillet-Assant S; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Gillet Y; Hospices Civils de Lyon, Urgences pédiatriques, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France.
Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.
Brengel-Pesce K; Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France.
Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France.; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France.
Josset L; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France. .; Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France. .; Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Hospices Civils de Lyon, 103 Grande-Rue de la Croix Rousse, 69317, Lyon, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: BMC infectious diseases [BMC Infect Dis] 2018 Oct 29; Vol. 18 (1), pp. 537. Date of Electronic Publication: 2018 Oct 29.
Typ publikacji:: Journal Article
MeSH Terms:: DNA Viruses/*genetics
High-Throughput Nucleotide Sequencing/*standards
Metagenomics/*standards
RNA Viruses/*genetics
Respiratory Tract Infections/*virology
DNA Viruses/isolation & purification ; DNA, Viral/chemistry ; DNA, Viral/isolation & purification ; DNA, Viral/metabolism ; Humans ; Quality Control ; RNA Viruses/isolation & purification ; RNA, Viral/chemistry ; RNA, Viral/isolation & purification ; RNA, Viral/metabolism ; Real-Time Polymerase Chain Reaction ; Respiratory Tract Infections/diagnosis

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Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: A comprehensive hybridization model allows whole HERV transcriptome profiling using high density microarray.
Autorzy:: Becker J; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France.
Pérot P; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France.
Cheynet V; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France.
Oriol G; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France.
Mugnier N; Bioinformatics Research Department, bioMerieux, 376 Chemin de l'Orme, 69280, Marcy l'Etoile, France.
Mommert M; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France.; EA 7426 Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression, University of Lyon1-Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 5 Place d'Arsonval, 69437, Lyon Cedex 3, France.
Tabone O; EA 7426 Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression, University of Lyon1-Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 5 Place d'Arsonval, 69437, Lyon Cedex 3, France.
Textoris J; EA 7426 Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression, University of Lyon1-Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 5 Place d'Arsonval, 69437, Lyon Cedex 3, France.
Veyrieras JB; Bioinformatics Research Department, bioMerieux, 376 Chemin de l'Orme, 69280, Marcy l'Etoile, France.
Mallet F; Joint research unit, Hospice Civils de Lyon, bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310, Pierre-Benite, France. .; EA 7426 Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression, University of Lyon1-Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 5 Place d'Arsonval, 69437, Lyon Cedex 3, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: BMC genomics [BMC Genomics] 2017 Apr 08; Vol. 18 (1), pp. 286. Date of Electronic Publication: 2017 Apr 08.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Gene Expression Profiling*/methods
Hybridization, Genetic*
Models, Genetic*
Transcriptome*
Endogenous Retroviruses/*genetics
Algorithms ; Cluster Analysis ; Computational Biology/methods ; Databases, Nucleic Acid ; Genetic Loci ; Humans ; Nucleic Acid Hybridization ; Reproducibility of Results ; Workflow

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Tytuł:: Generation, Characterization and Application of Antibodies Directed against HERV-H Gag Protein in Colorectal Samples.
Autorzy:: Mullins CS; University Medicine Rostock, Department of General Surgery, Molecular Oncology and Immunotherapy, Schillingallee 69, 18057 Rostock, Germany.
Hühns M; University Medicine Rostock, Institute of Pathology, Strempelstraße 14, 18055 Rostock, Germany.
Krohn M; University Medicine Rostock, Department of General Surgery, Molecular Oncology and Immunotherapy, Schillingallee 69, 18057 Rostock, Germany.
Peters S; University Medicine Rostock, Department of General Surgery, Molecular Oncology and Immunotherapy, Schillingallee 69, 18057 Rostock, Germany.
Cheynet V; Joint Unit Hospices Civils de Lyon, bioMérieux, Cancer Biomarkers Research Group, Centre Hospitalier Lyon Sud, Bâtiment 3F, 69495, Pierre Bénite cedex, Lyon, France.
Oriol G; Joint Unit Hospices Civils de Lyon, bioMérieux, Cancer Biomarkers Research Group, Centre Hospitalier Lyon Sud, Bâtiment 3F, 69495, Pierre Bénite cedex, Lyon, France.
Guillotte M; Global R&D Immunoassay, bioMérieux, Marcy l'Etoile, France.
Ducrot S; R&D Immunoassay, bioMérieux, Raw Material Department, Marcy l'Etoile, France.
Mallet F; Joint Unit Hospices Civils de Lyon, bioMérieux, Cancer Biomarkers Research Group, Centre Hospitalier Lyon Sud, Bâtiment 3F, 69495, Pierre Bénite cedex, Lyon, France.; EA Pathophysiology of injury-induced immunosuppression, University of Lyon1-Hospices Civils de Lyon-bioMérieux,Hôpital Edouard Herriot, 5, Place d'Arsonval, 69437 LYON Cedex 3, Lyon, France.
Linnebacher M; University Medicine Rostock, Department of General Surgery, Molecular Oncology and Immunotherapy, Schillingallee 69, 18057 Rostock, Germany.; Pokaż więcej
Źródło:: PloS one [PLoS One] 2016 Apr 27; Vol. 11 (4), pp. e0153349. Date of Electronic Publication: 2016 Apr 27 (Print Publication: 2016).
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Antibodies, Monoclonal/*immunology
Colon/*immunology
Colon/*virology
Endogenous Retroviruses/*immunology
Gene Products, gag/*immunology
Amino Acid Sequence ; Animals ; Cell Line ; Colorectal Neoplasms/immunology ; Colorectal Neoplasms/virology ; Cytoplasm/immunology ; Cytoplasm/virology ; Female ; Genome, Human/genetics ; HEK293 Cells ; Humans ; Intestinal Mucosa/immunology ; Intestinal Mucosa/virology ; Mice ; Mice, Inbred BALB C ; Recombinant Proteins/immunology

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Tytuł:: Identification of the hASCT2-binding domain of the Env ERVWE1/syncytin-1 fusogenic glycoprotein.
Autorzy:: Cheynet V; UMR 2714 CNRS-bioMérieux, IFR128 BioSciences Lyon-Gerland, Ecole Normale Supérieure de Lyon, 69364 Lyon Cedex 07, France. valerie.cheynet@ens-lyon.fr
Oriol G
Mallet F; Pokaż więcej
Źródło:: Retrovirology [Retrovirology] 2006 Jul 04; Vol. 3, pp. 41. Date of Electronic Publication: 2006 Jul 04.
Typ publikacji:: Journal Article
MeSH Terms:: Amino Acid Transport System ASC/*metabolism
Endogenous Retroviruses/*genetics
Gene Products, env/*chemistry
Gene Products, env/*metabolism
Pregnancy Proteins/*chemistry
Pregnancy Proteins/*metabolism
Cell Fusion ; Cell Line ; Gene Products, env/genetics ; HeLa Cells ; Humans ; Minor Histocompatibility Antigens ; Pregnancy Proteins/genetics ; Receptors, Virus/metabolism

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