Autor: "Cruaud, Corinne" - OpacWWW

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Tytuł:: Location and timing govern tripartite interactions of fungal phytopathogens and host in the stem canker species complex.
Autorzy:: Gay EJ; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France.
Jacques N; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France.
Lapalu N; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Laval V; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France.
Balesdent MH; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France.
Rouxel T; Université Paris-Saclay, INRAE, UR BIOGER, 91120, Palaiseau, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: BMC biology [BMC Biol] 2023 Nov 07; Vol. 21 (1), pp. 247. Date of Electronic Publication: 2023 Nov 07.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Ascomycota*/genetics
Brassica napus*/microbiology
Gene Expression Profiling ; Transcriptome ; Cotyledon/microbiology ; Plant Diseases/microbiology

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Tytuł:: Genomic adaptation of the picoeukaryote Pelagomonas calceolata to iron-poor oceans revealed by a chromosome-scale genome sequence.
Autorzy:: Guérin N; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Ciccarella M; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Flamant E; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Frémont P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Mangenot S; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Istace B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Noel B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Belser C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Bertrand L; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Labadie K; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.; Genoscope, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, 2 Rue Gaston Crémieux, 91057, Evry, France.
Cruaud C; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.; Genoscope, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, 2 Rue Gaston Crémieux, 91057, Evry, France.
Romac S; Sorbonne Université, CNRS, Station Biologique de Roscoff, AD2M, UMR7144, Place Georges Teissier, 29680, Roscoff, France.
Bachy C; Sorbonne Université, CNRS, Station Biologique de Roscoff, AD2M, UMR7144, Place Georges Teissier, 29680, Roscoff, France.; Sorbonne Université, CNRS, FR2424, Station Biologique de Roscoff, 29680, Roscoff, France.
Gachenot M; Sorbonne Université, CNRS, FR2424, Station Biologique de Roscoff, 29680, Roscoff, France.
Pelletier E; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Alberti A; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.; Université Paris-Saclay, CEA, CNRS, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), 91198, Gif-sur-Yvette, France.
Jaillon O; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Aury JM; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Carradec Q; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France. .; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: Communications biology [Commun Biol] 2022 Sep 16; Vol. 5 (1), pp. 983. Date of Electronic Publication: 2022 Sep 16.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Iron*/metabolism
Stramenopiles*/genetics
Acclimatization/genetics ; Chromosomes ; Genomics ; Nitrates/metabolism ; Oceans and Seas ; Phytoplankton/genetics ; Phytoplankton/metabolism

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Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Correction: Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France.
Autorzy:: Terrat S
Horrigue W
Dequiedt S
Saby NPA
Lelièvre M
Nowak V
Tripied J
Régnier T
Jolivet C
Arrouays D
Wincker P
Cruaud C
Karimi B
Bispo A
Maron PA
Prévost-Bouré NC
Ranjard L; Pokaż więcej
Źródło:: PloS one [PLoS One] 2022 May 02; Vol. 17 (5), pp. e0268101. Date of Electronic Publication: 2022 May 02 (Print Publication: 2022).
Typ publikacji:: Published Erratum

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Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Long-read and chromosome-scale assembly of the hexaploid wheat genome achieves high resolution for research and breeding.
Autorzy:: Aury JM; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Engelen S; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Istace B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Monat C; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Lasserre-Zuber P; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Belser C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut François Jacob, Genoscope, F-91057 Evry, France.
Rimbert H; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Leroy P; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Arribat S; INRAE, CNRGV French Plant Genomic Resource Center, F-31320, Castanet Tolosan, France.
Dufau I; INRAE, CNRGV French Plant Genomic Resource Center, F-31320, Castanet Tolosan, France.
Bellec A; INRAE, CNRGV French Plant Genomic Resource Center, F-31320, Castanet Tolosan, France.
Grimbichler D; Mésocentre Clermont Auvergne, DOSI / Bâtiment Turing, 7 avenue Blaise Pascal, 63178 Aubière, France.
Papon N; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Paux E; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Ranoux M; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.
Alberti A; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry, France.
Choulet F; GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France.; Pokaż więcej
Źródło:: GigaScience [Gigascience] 2022 Apr 28; Vol. 11.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Genome*
Triticum*/genetics
Breeding ; Chromosomes ; Sequence Analysis, DNA/methods

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Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Oxford Nanopore and Bionano Genomics technologies evaluation for plant structural variation detection.
Autorzy:: Canaguier A; Université Paris-Saclay, INRAE, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux EPGV, 91000, Evry-Courcouronnes, France.
Guilbaud R; Université Paris-Saclay, INRAE, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux EPGV, 91000, Evry-Courcouronnes, France.
Denis E; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Magdelenat G; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Belser C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Istace B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Le Paslier MC; Université Paris-Saclay, INRAE, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux EPGV, 91000, Evry-Courcouronnes, France.
Faivre-Rampant P; Université Paris-Saclay, INRAE, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux EPGV, 91000, Evry-Courcouronnes, France. .
Barbe V; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Pokaż więcej
Źródło:: BMC genomics [BMC Genomics] 2022 Apr 21; Vol. 23 (1), pp. 317. Date of Electronic Publication: 2022 Apr 21.
Typ publikacji:: Journal Article
MeSH Terms:: Nanopores*
Genome ; Genomic Structural Variation ; Genomics/methods ; High-Throughput Nucleotide Sequencing/methods ; Sequence Analysis, DNA/methods

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Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing.
Autorzy:: Belser C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Baurens FC; CIRAD, UMR AGAP Institut, Montpellier, France.; UMR AGAP Institut, Univ Montpellier, CIRAD, INRAE, Institut Agro, Montpellier, France.
Noel B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Martin G; CIRAD, UMR AGAP Institut, Montpellier, France.; UMR AGAP Institut, Univ Montpellier, CIRAD, INRAE, Institut Agro, Montpellier, France.
Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut François Jacob, Genoscope, Evry, France.
Istace B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Yahiaoui N; CIRAD, UMR AGAP Institut, Montpellier, France.; UMR AGAP Institut, Univ Montpellier, CIRAD, INRAE, Institut Agro, Montpellier, France.
Labadie K; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut François Jacob, Genoscope, Evry, France.
Hřibová E; Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Haná for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic.
Doležel J; Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Haná for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic.
Lemainque A; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut François Jacob, Genoscope, Evry, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, Evry, France.
D'Hont A; CIRAD, UMR AGAP Institut, Montpellier, France.; UMR AGAP Institut, Univ Montpellier, CIRAD, INRAE, Institut Agro, Montpellier, France.
Aury JM; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, Evry, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: Communications biology [Commun Biol] 2021 Sep 07; Vol. 4 (1), pp. 1047. Date of Electronic Publication: 2021 Sep 07.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Genome, Plant*
Telomere*
Chromosomes, Plant/*genetics
Musa/*genetics
Nanopore Sequencing ; Nanopores

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Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Large-scale transcriptomics to dissect 2 years of the life of a fungal phytopathogen interacting with its host plant.
Autorzy:: Gay EJ; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Soyer JL; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Lapalu N; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Linglin J; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Fudal I; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Da Silva C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Université d'Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Université d'Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Aury JM; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Université d'Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France.
Levrel A; INRAE, Institut Agro, Univ Rennes, IGEPP, 35653, Le Rheu, France.
Lemoine J; INRAE, Institut Agro, Univ Rennes, IGEPP, 35653, Le Rheu, France.
Delourme R; INRAE, Institut Agro, Univ Rennes, IGEPP, 35653, Le Rheu, France.
Rouxel T; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France.
Balesdent MH; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR BIOGER, 78850, Thiverval-Grignon, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: BMC biology [BMC Biol] 2021 Mar 23; Vol. 19 (1), pp. 55. Date of Electronic Publication: 2021 Mar 23.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Host-Pathogen Interactions*
Brassica napus/*microbiology
Fungal Proteins/*genetics
Leptosphaeria/*genetics
Transcriptome/*physiology
Fungal Proteins/metabolism ; Genes, Fungal ; Leptosphaeria/physiology ; Plant Diseases/microbiology
SCR Organism:: Leptosphaeria maculans

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Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Author Correction: A framework for in situ molecular characterization of coral holobionts using nanopore sequencing.
Autorzy:: Carradec Q; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France. .; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France. .
Poulain J; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Boissin E; PSL Research University: EPHE-UPVD-CNRS, USR 3278 CRIOBE, Université de Perpignan, Perpignan Cedex, France.; Laboratoire D'Excellence 'CORAIL', 52 Avenue Paul Alduy, 66860, Perpignan Cedex, France.
Hume BCC; Red Sea Research Center, Division of Biological and Environmental Science and Engineering (BESE), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST, Thuwal, Saudi Arabia.
Voolstra CR; Red Sea Research Center, Division of Biological and Environmental Science and Engineering (BESE), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST, Thuwal, Saudi Arabia.; Department of Biology, University of Konstanz, Universitätsstraße 10, 78457, Konstanz, Germany.
Ziegler M; Department of Animal Ecology and Systematics, Justus LiebigUniversity, Giessen, Germany.
Engelen S; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Planes S; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.; PSL Research University: EPHE-UPVD-CNRS, USR 3278 CRIOBE, Université de Perpignan, Perpignan Cedex, France.; Laboratoire D'Excellence 'CORAIL', 52 Avenue Paul Alduy, 66860, Perpignan Cedex, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France. .; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: Scientific reports [Sci Rep] 2021 Jan 18; Vol. 11 (1), pp. 2076. Date of Electronic Publication: 2021 Jan 18.
Typ publikacji:: Published Erratum

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Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Long-read assembly of the Brassica napus reference genome Darmor-bzh.
Autorzy:: Rousseau-Gueutin M; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Belser C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Da Silva C; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Richard G; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Istace B; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Falentin C; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Boideau F; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Boutte J; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Delourme R; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Deniot G; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Engelen S; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
de Carvalho JF; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Lemainque A; Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Maillet L; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Morice J; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Denoeud F; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Chèvre AM; IGEPP, INRAE, Institut Agro, Université de Rennes, Domaine de la Motte, 35653 Le Rheu, France.
Aury JM; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.; Pokaż więcej
Źródło:: GigaScience [Gigascience] 2020 Dec 15; Vol. 9 (12).
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Brassica napus*/genetics
Nanopores*
Genome ; High-Throughput Nucleotide Sequencing ; Phenotype

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Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: A framework for in situ molecular characterization of coral holobionts using nanopore sequencing.
Autorzy:: Carradec Q; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France. .; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France. .
Poulain J; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France.; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.
Boissin E; PSL Research University: EPHE-UPVD-CNRS, USR 3278 CRIOBE, Université de Perpignan, Perpignan Cedex, France.; Laboratoire d'Excellence 'CORAIL', 52 Avenue Paul Alduy, 66860, Perpignan Cedex, France.
Hume BCC; Red Sea Research Center, Division of Biological and Environmental Science and Engineering (BESE), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia.
Voolstra CR; Red Sea Research Center, Division of Biological and Environmental Science and Engineering (BESE), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia.; Department of Biology, University of Konstanz, 78457, Konstanz, Germany.
Ziegler M; Department of Animal Ecology & Systematics, Justus Liebig University, Giessen, Germany.
Engelen S; Genoscope, Institut de Biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut de Biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Planes S; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France.; PSL Research University: EPHE-UPVD-CNRS, USR 3278 CRIOBE, Université de Perpignan, Perpignan Cedex, France.; Laboratoire d'Excellence 'CORAIL', 52 Avenue Paul Alduy, 66860, Perpignan Cedex, France.
Wincker P; Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057, Evry, France. .; Research Federation for the Study of Global Ocean Systems Ecology and Evolution, R2022/Tara Oceans GO-SEE, 3 rue Michel-Ange, 75016, Paris, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: Scientific reports [Sci Rep] 2020 Sep 28; Vol. 10 (1), pp. 15893. Date of Electronic Publication: 2020 Sep 28.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Coral Reefs*
Anthozoa/*microbiology
Bacteria/*genetics
Microbiota/*genetics
Animals ; Nanopore Sequencing ; Symbiosis

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Skocz do pozycji: 11.

Tytuł:: Two large reciprocal translocations characterized in the disease resistance-rich burmannica genetic group of Musa acuminata.
Autorzy:: Dupouy M; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Baurens FC; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Derouault P; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Hervouet C; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Cardi C; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Cruaud C; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Istace B; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Labadie K; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Guiougou C; CIRAD, UMR AGAP, Guadeloupe, France.
Toubi L; CIRAD, UMR AGAP, Guadeloupe, France.
Salmon F; CIRAD, UMR AGAP, Guadeloupe, France.
Mournet P; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Rouard M; Bioversity International, Montpellier, France.
Yahiaoui N; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Lemainque A; Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay, Evry, France.
Martin G; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
D'Hont A; CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.; AGAP, Université Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro, Montpellier, France.; Pokaż więcej
Źródło:: Annals of botany [Ann Bot] 2019 Sep 24; Vol. 124 (2), pp. 319-329.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Musa*
Disease Resistance ; Humans ; Hybridization, Genetic ; India ; Islands

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Tytuł:: Correction: Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France.
Autorzy:: Terrat S
Horrigue W
Dequiedt S
Saby NPA
Lelièvre M
Nowak V
Tripied J
Régnier T
Jolivet C
Arrouays D
Wincker P
Cruaud C
Karimi B
Bispo A
Maron PA
Prévost-Bouré NC
Ranjard L; Pokaż więcej
Źródło:: PloS one [PLoS One] 2017 Dec 18; Vol. 12 (12), pp. e0190128. Date of Electronic Publication: 2017 Dec 18 (Print Publication: 2017).
Typ publikacji:: Published Erratum

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Tytuł:: Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France.
Autorzy:: Terrat S; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Horrigue W; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Dequiedt S; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Saby NPA; INRA Orléans - US 1106, Unité INFOSOL, Orleans, France.
Lelièvre M; Agroécologie-Plateforme GenoSol, Dijon, France.
Nowak V; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Tripied J; Agroécologie-Plateforme GenoSol, Dijon, France.
Régnier T; Agroécologie-Plateforme GenoSol, Dijon, France.
Jolivet C; INRA Orléans - US 1106, Unité INFOSOL, Orleans, France.
Arrouays D; INRA Orléans - US 1106, Unité INFOSOL, Orleans, France.
Wincker P; CEA / Institut de Génomique / Génoscope, Evry, France.
Cruaud C; CEA / Institut de Génomique / Génoscope, Evry, France.
Karimi B; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Bispo A; ADEME, Service Agriculture et Forêt, Angers, France.
Maron PA; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Chemidlin Prévost-Bouré N; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.
Ranjard L; Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Univ. Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.; Pokaż więcej
Źródło:: PloS one [PLoS One] 2017 Oct 23; Vol. 12 (10), pp. e0186766. Date of Electronic Publication: 2017 Oct 23 (Print Publication: 2017).
Typ publikacji:: Journal Article
MeSH Terms:: Soil Microbiology*
Bacteria/*isolation & purification
Bacteria/classification ; Bacteria/genetics ; France ; Polymerase Chain Reaction ; RNA, Ribosomal, 16S/genetics

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Tytuł:: High-Quality de Novo Genome Assembly of the Dekkera bruxellensis Yeast Using Nanopore MinION Sequencing.
Autorzy:: Fournier T; Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Unité Mixte de Recherche 7156, University of Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique, F-67000, France.
Gounot JS; Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Unité Mixte de Recherche 7156, University of Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique, F-67000, France.
Freel K; Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Unité Mixte de Recherche 7156, University of Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique, F-67000, France.
Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique, Institut de Biologie François-Jacob, Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Lemainque A; Commissariat à l'Energie Atomique, Institut de Biologie François-Jacob, Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Aury JM; Commissariat à l'Energie Atomique, Institut de Biologie François-Jacob, Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Wincker P; Commissariat à l'Energie Atomique, Institut de Biologie François-Jacob, Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Schacherer J; Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Unité Mixte de Recherche 7156, University of Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique, F-67000, France .
Friedrich A; Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Unité Mixte de Recherche 7156, University of Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique, F-67000, France .; Pokaż więcej
Źródło:: G3 (Bethesda, Md.) [G3 (Bethesda)] 2017 Oct 05; Vol. 7 (10), pp. 3243-3250. Date of Electronic Publication: 2017 Oct 05.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Genome, Fungal*
Dekkera/*genetics
Sequence Analysis, DNA/methods

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Tytuł:: Different waves of effector genes with contrasted genomic location are expressed by Leptosphaeria maculans during cotyledon and stem colonization of oilseed rape.
Autorzy:: Gervais J; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Plissonneau C; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Linglin J; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Meyer M; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Labadie K; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry Cedex, France.
Cruaud C; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry Cedex, France.
Fudal I; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Rouxel T; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.
Balesdent MH; UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Avenue Lucien Brétignières, BP 01, Thiverval-Grignon, F-78850, France.; Pokaż więcej
Źródło:: Molecular plant pathology [Mol Plant Pathol] 2017 Oct; Vol. 18 (8), pp. 1113-1126. Date of Electronic Publication: 2016 Aug 25.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Ascomycota/*genetics
Brassica napus/*microbiology
Cotyledon/*microbiology
Plant Stems/*microbiology
Colony Count, Microbial ; Down-Regulation/genetics ; Gene Expression Profiling ; Gene Expression Regulation, Fungal ; Gene Ontology ; Genes, Fungal ; RNA, Messenger/genetics ; RNA, Messenger/metabolism ; Reproducibility of Results ; Sequence Analysis, RNA ; Up-Regulation/genetics

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Skocz do pozycji: 16.

Tytuł:: de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer.
Autorzy:: Istace B; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Friedrich A; Université de Strasbourg, CNRS, GMGM UMR 7156, F-67000 Strasbourg, France.
d'Agata L; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Faye S; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Payen E; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Beluche O; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Caradec C; Université de Strasbourg, CNRS, GMGM UMR 7156, F-67000 Strasbourg, France.
Davidas S; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Liti G; Institute of Research on Cancer and Ageing of Nice (IRCAN), CNRS UMR 7284-INSERM U1081, Faculté de Médecine, Université de Nice Sophia Antipolis, Nice, France.
Lemainque A; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Engelen S; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.
Wincker P; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.; Université d'Evry Val d'Essonne, UMR 8030, CP5706, 91057 Evry, France.; Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), UMR 8030, CP5706, 91057 Evry, France.
Schacherer J; Université de Strasbourg, CNRS, GMGM UMR 7156, F-67000 Strasbourg, France.
Aury JM; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057 Evry, France.; Pokaż więcej
Źródło:: GigaScience [Gigascience] 2017 Feb 01; Vol. 6 (2), pp. 1-13.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Genome, Fungal*
Genomics*/methods
Computational Biology/*methods
Yeasts/*genetics
Chromosomes, Fungal ; DNA Transposable Elements ; DNA, Fungal ; Gene Dosage ; Genome, Mitochondrial ; High-Throughput Nucleotide Sequencing ; Recombination, Genetic ; Sequence Analysis, DNA

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Skocz do pozycji: 17.

Tytuł:: Understanding the evolution of holoparasitic plants: the complete plastid genome of the holoparasite Cytinus hypocistis (Cytinaceae).
Autorzy:: Roquet C; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Coissac É; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Cruaud C; CEA-Institut de Génomique, Genoscope, Centre National de Séquençage, FR-91057 Evry Cedex, France.
Boleda M; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Boyer F; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Alberti A; CEA-Institut de Génomique, Genoscope, Centre National de Séquençage, FR-91057 Evry Cedex, France.
Gielly L; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Taberlet P; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Thuiller W; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.
Van Es J; Conservatoire Botanique National Alpin, Domaine de Charance, FR-05000 Gap, France.
Lavergne S; Laboratoire d'Ecologie Alpine, Université Grenoble Alpes, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, BP 53, FR-38000 Grenoble, France.; Pokaż więcej
Źródło:: Annals of botany [Ann Bot] 2016 Oct 01; Vol. 118 (5), pp. 885-896.
Typ publikacji:: Journal Article

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Skocz do pozycji: 18.

Tytuł:: Ocean plankton. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities.
Autorzy:: Brum JR; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Ignacio-Espinoza JC; Department of Molecular and Cellular Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Roux S; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Doulcier G; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA. Environmental and Evolutionary Genomics Section, Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), CNRS, UMR8197, INSERM U1024, 75230 Paris, France.
Acinas SG; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta 37-49, Barcelona, E08003, Spain.
Alberti A; Genoscope, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA)-Institut de Génomique, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Chaffron S; Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute, KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Center for the Biology of Disease, VIB KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Department of Applied Biological Sciences, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, 1050 Brussels, Belgium.
Cruaud C; Genoscope, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA)-Institut de Génomique, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
de Vargas C; CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, Université Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, and UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France.
Gasol JM; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta 37-49, Barcelona, E08003, Spain.
Gorsky G; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, Uiversité Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France.
Gregory AC; Soil, Water, and Environmental Science, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Guidi L; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, Uiversité Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France.
Hingamp P; Aix Marseille Université, CNRS IGS UMR 7256, 13288 Marseille, France.
Iudicone D; Stazione Zoologica Anton Dohrn, Villa Comunale, 80121 Naples, Italy.
Not F; CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, Université Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, and UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France.
Ogata H; Institute for Chemical Research, Kyoto University, Gokasho, Uji, Kyoto 611-0001, Japan.
Pesant S; PANGAEA, Data Publisher for Earth and Environmental Science, University of Bremen, 28359 Bremen, Germany. MARUM, Center for Marine Environmental Sciences, University of Bremen, 28359 Bremen, Germany.
Poulos BT; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Schwenck SM; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA.
Speich S; Laboratoire de Physique des Océans, Institut Universitaire Européen de la Mer, Université de Bretagne Occidentale (UBO-IUEM), Place Copernic, 29820 Plouzané, France.
Dimier C; CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, Université Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, and UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), and INSERM U1024, and CNRS UMR 8197, Paris, 75005, France.
Kandels-Lewis S; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. Directors' Research, European Molecular Biology Laboratory Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Picheral M; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, Uiversité Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France.
Searson S; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, Uiversité Pierre et Marie Curie, Université Paris 06, UMR 7093, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire Océanologique, 06230 Villefranche-sur-mer, France.
Bork P; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. Max-Delbrück-Centre for Molecular Medicine, 13092 Berlin, Germany.
Bowler C; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), and INSERM U1024, and CNRS UMR 8197, Paris, 75005, France.
Sunagawa S; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Wincker P; Genoscope, Commissariat à l'Energie Atomique (CEA)-Institut de Génomique, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France. CNRS, UMR 8030, CP5706, 91057 Evry, France. Université d'Evry, UMR 8030, CP5706, 91057 Evry, France.
Karsenti E; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), and INSERM U1024, and CNRS UMR 8197, Paris, 75005, France. Directors' Research, European Molecular Biology Laboratory Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. .
Sullivan MB; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA. Department of Molecular and Cellular Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA. Soil, Water, and Environmental Science, University of Arizona, Tucson, AZ 85721, USA. .; Pokaż więcej
Corporate Authors:: Tara Oceans Coordinators
Źródło:: Science (New York, N.Y.) [Science] 2015 May 22; Vol. 348 (6237), pp. 1261498.
Typ publikacji:: Dataset; Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Ecosystem*
Plankton/*classification
Seawater/*virology
Viruses/*classification
Biodiversity ; DNA, Viral/genetics ; Ecological and Environmental Phenomena ; Metagenome/genetics ; Microbiota/genetics ; Oceans and Seas ; Plankton/genetics ; Viral Proteins/genetics ; Viruses/genetics

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Skocz do pozycji: 19.

Tytuł:: Ocean plankton. Structure and function of the global ocean microbiome.
Autorzy:: Sunagawa S; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. .
Coelho LP; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Chaffron S; Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute, KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Center for the Biology of Disease, VIB, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Department of Applied Biological Sciences, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, 1050 Brussels, Belgium.
Kultima JR; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Labadie K; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Salazar G; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain.
Djahanschiri B; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Zeller G; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Mende DR; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Alberti A; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Cornejo-Castillo FM; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain.
Costea PI; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Cruaud C; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
d'Ovidio F; Sorbonne Universités, UPMC, Université Paris 06, CNRS-IRD-MNHN, LOCEAN Laboratory, 4 Place Jussieu, 75005 Paris France.
Engelen S; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Ferrera I; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain.
Gasol JM; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain.
Guidi L; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7093, LOV, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France.
Hildebrand F; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Kokoszka F; Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), and Inserm U1024, and CNRS UMR 8197, F-75005 Paris, France. Laboratoire de Physique des Océans UBO-IUEM, Place Copernic 29820 Plouzané, France.
Lepoivre C; Aix Marseille Université CNRS IGS UMR 7256, 13288 Marseille, France.
Lima-Mendez G; Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute, KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Center for the Biology of Disease, VIB, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Department of Applied Biological Sciences, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, 1050 Brussels, Belgium.
Poulain J; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France.
Poulos BT; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, 1007 East Lowell Street, Tucson, AZ 85721, USA.
Royo-Llonch M; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain.
Sarmento H; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain. Department of Hydrobiology, Federal University of São Carlos (UFSCar), Rodovia Washington Luiz, 13565-905 São Carlos, São Paulo, Brazil.
Vieira-Silva S; Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute, KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Center for the Biology of Disease, VIB, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Department of Applied Biological Sciences, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, 1050 Brussels, Belgium.
Dimier C; Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), and Inserm U1024, and CNRS UMR 8197, F-75005 Paris, France. CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France.
Picheral M; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7093, LOV, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France.
Searson S; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7093, LOV, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France.
Kandels-Lewis S; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. Directors' Research, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
Bowler C; Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), and Inserm U1024, and CNRS UMR 8197, F-75005 Paris, France.
de Vargas C; CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France.
Gorsky G; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7093, LOV, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France.
Grimsley N; CNRS UMR 7232, BIOM, Avenue du Fontaulé, 66650 Banyuls-sur-Mer, France. Sorbonne Universités Paris 06, OOB UPMC, Avenue du Fontaulé, 66650 Banyuls-sur-Mer, France.
Hingamp P; Aix Marseille Université CNRS IGS UMR 7256, 13288 Marseille, France.
Iudicone D; Stazione Zoologica Anton Dohrn, Villa Comunale, 80121 Naples, Italy.
Jaillon O; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France. CNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, France. Université d'Evry, UMR 8030, CP5706, Evry, France.
Not F; CNRS, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7144, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff, France.
Ogata H; Institute for Chemical Research, Kyoto University, Gokasho, Uji, Kyoto, 611-001, Japan.
Pesant S; PANGAEA, Data Publisher for Earth and Environmental Science, University of Bremen, Bremen, Germany. MARUM, Center for Marine Environmental Sciences, University of Bremen, Bremen, Germany.
Speich S; Department of Geosciences, Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD), Ecole Normale Supérieure, 24 rue Lhomond, 75231 Paris Cedex 05, France. Laboratoire de Physique des Océans UBO-IUEM, Place Copernic, 29820 Plouzané, France.
Stemmann L; CNRS, UMR 7093, Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France. Sorbonne Universités, UPMC Université Paris 06, UMR 7093, LOV, Observatoire Océanologique, F-06230 Villefranche-sur-mer, France.
Sullivan MB; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, 1007 East Lowell Street, Tucson, AZ 85721, USA.
Weissenbach J; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France. CNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, France. Université d'Evry, UMR 8030, CP5706, Evry, France.
Wincker P; CEA-Institut de Génomique, GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry, France. CNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, France. Université d'Evry, UMR 8030, CP5706, Evry, France.
Karsenti E; Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), and Inserm U1024, and CNRS UMR 8197, F-75005 Paris, France. Directors' Research, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. .
Raes J; Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute, KU Leuven, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Center for the Biology of Disease, VIB, Herestraat 49, 3000 Leuven, Belgium. Department of Applied Biological Sciences, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, 1050 Brussels, Belgium. .
Acinas SG; Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences (ICM)-CSIC, Pg. Marítim de la Barceloneta, 37-49, Barcelona E08003, Spain. .
Bork P; Structural and Computational Biology, European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany. Max-Delbrück-Centre for Molecular Medicine, 13092 Berlin, Germany. .; Pokaż więcej
Corporate Authors:: Tara Oceans coordinators
Źródło:: Science (New York, N.Y.) [Science] 2015 May 22; Vol. 348 (6237), pp. 1261359.
Typ publikacji:: Dataset; Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Microbiota/*genetics
Plankton/*classification
Seawater/*microbiology
Databases, Genetic ; Ecosystem ; Gastrointestinal Tract/microbiology ; Genetic Variation ; Humans ; Metagenome ; Oceans and Seas ; Plankton/genetics ; Plankton/isolation & purification

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Tytuł:: Genome assembly using Nanopore-guided long and error-free DNA reads.
Autorzy:: Madoui MA; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Engelen S; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. cruaud@genoscope.cns.fr.
Belser C; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Bertrand L; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Alberti A; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Lemainque A; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .
Wincker P; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .; Université d'Evry Val d'Essonne, UMR 8030, CP5706, 91057, Evry, France. .; Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), UMR 8030, CP5706, 91057, Evry, France. .
Aury JM; Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, BP5706, 91057, Evry, France. .; Pokaż więcej
Źródło:: BMC genomics [BMC Genomics] 2015 Apr 20; Vol. 16, pp. 327. Date of Electronic Publication: 2015 Apr 20.
Typ publikacji:: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
MeSH Terms:: Acinetobacter/*genetics
High-Throughput Nucleotide Sequencing/*methods
Sequence Analysis, DNA/*methods
DNA, Bacterial/analysis ; Genome, Bacterial ; High-Throughput Nucleotide Sequencing/instrumentation ; Repetitive Sequences, Nucleic Acid ; Sequence Analysis, DNA/instrumentation

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